Ved et rederis overgang fra beskatning under tonnageskatteordningen til beskatning efter de almindelige regler udgør det fremtidige afskrivningsgrundlag summen af eksisterende overgangssaldi og udligningssaldi.
Hvis et rederi før udløbet af den 10-årige bindingsperiode ophører med at drive virksomhed, som kan omfattes af tonnageskatteloven, og i stedet begynder at drive anden virksomhed, vil der være tale om overgang fra tonnagebeskatning til almindelig beskatning.
Rederiet vil dog stadig være omfattet af den resterende bindingsperiode. Hvis rederiet påbegynder rederivirksomhed igen vil det således være omfattet af tonnageskatteordningen for den resterende bindingsperiode
Aktiver, som er omfattet af tonnageskatteordningen, men som ikke er omfattet af overgangs- eller udligningssaldi, herunder bygninger og installationer, skal anses for maksimalt nedskrevet efter afskrivningslovens bestemmelser i de år, rederiet har været omfattet af tonnageskatteordningen.
Ophør af rederivirksomhed omfattet af tonnageskatteordningen vil også kunne skyldes, at rederiet ikke længere er skattepligtigt til Danmark. Dette vil være tilfældet, hvis ledelsens sæde flyttes til udlandet, eller hvis rederiet efter bestemmelserne i en dobbeltbeskatningsoverenskomst bliver hjemmehørende i udlandet, og det vil være tilfældet, uanset om skattepligten ophører ved bindingsperiodens udløb eller ej. I så fald gælder de almindelige bestemmelser for fraflytningsbeskatning.
Hovedreglen er her, at de aktiver, der udgår af dansk beskatning, anses for afhændet til handelsværdien på fraflytningstidspunktet. Det vil for alle skibes vedkommende gælde, at egentlige avancer på skibene vil komme til beskatning efter de almindelige regler, jf. § 18. For aktiver omfattet af overgangs- og udligningssaldi dvs. tonnage, som for førstnævnte dels vedkommende har været afskrevet under de almindelige regler vil der kun kunne blive tale om beskatning af genvundne afskrivninger i det omfang, at nedskrivningssatsen på 12 pct. om året ikke afspejler skibenes reelle værdiforringelse | 
